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Atelier Zotero pour les doctorants

Cet atelier s'adresse aux doctorants. L'ensemble des activités est conçu pour durer 4 heures. Les points 1 à 5 font partie de l'initiation (2 heures) les points suivants de l'approfondissement (2 heures)

6.1 Zotfile : un plugin indispensable de Zotero

Zotfile est une extension très utile de Zotero qui peut vous permettre :

- d'appliquer des conventions de nommage à vos PDF

- de les stocker ailleurs que dans votre compte Zotero et en local (utile si vous disposez d'un autre espace dans le cloud moins restreint que celui de Zotero)

- d'extraire les annotations de vos PDF pour en faire des notes

6.2 Un problème pour charger Zotfile ?

L'extension non signée par son auteur n'est pas conforme aux standards de Mozilla, bien qu'elle ne présente pas de risques. Pourtant, avec cette extension .xpi, le chargement dans le navigateur est réalisé par défaut.

Pour sortir de cette impasse, à partir de la page de téléchargement, positionnez-vous sur le lien de chargement du fichier .xpi, faites un clic droit. Dans le menu contextuel, cliquer sur "Enregistrer la cible du lien sous" et déposez le fichier sur le bureau.

Allez ensuite dans Zotero > Outils > Extensions

Cliquer sur la petite roue dentée > sélectionner "Install add-on from file". Aler chercher le fichier .xpi sur le bureau. Redémarrer Zotero.

Zotfile devrait être chargé correctement après cette dernière étape.

6.3 Exemple de convention de nommage de fichiers

Supposons que vous êtes dans la situation suivante : vous travaillez dans une équipe de chercheurs qui partage le produit de sa veille sur un serveur. On vous demande de charger les références et les documents liés depuis votre bibliothèque Zotero sur ce serveur mais on vous recommande de renommer les fichiers pour pouvoir les classer à part et les retrouver facilement.

Voici les conventions de nommage qu'on vous demande de respecter :

1. Le nommage ne doit comporter aucun espace et aucun caractère spécial.
2. Sont utilisés :
 Les Majuscules
 Les minuscules
 le tiret du 6 -
 le tiret du 8 _
 le point.
3. Une majuscule au nom de chaque Auteur
4. pdf en minuscule
5. Ce nommage comprend les noms d'auteurs et l'année de publication. Pas de titre car trop lourd.
Un seul nom d'auteur :
Alberts_1994.pdf
Deux noms d'auteurs :
Beisner_Isbell_2009.pdf
Trois noms ou plus :
Bisazza_Facchin_&_al_1998.pdf
Noms doubles :
Akangala-Mankarika_1998.pdf
Albiach-Serrano_Guillen-Salazar_2007.pdf

6.4 Zotfile : l'outil qui vous permet de renommer vos fichiers

Pour afficher les Préférences de Zotfile :

Version 4 : Dans le menu "Actions" () sous "Préférences", cliquer sur "Préférences Zotfile".

Version 5 : Dans le menu "outils" cliquer sur "Préférences Zotfile".

Dans les deux cas, cliquer ensuite sur l'onglet "règles de renommage"

Lire attentivement les indications fournies dans cette fenêtre et paramétrer Zotfile pour que les règles de renommage respectent les consignes du laboratoire (cf. document dans la boîte conventions de nommage)

Testez ce paramétrage en renommant des fichiers PDF :

Faites un clic droit sur le nom d'un des PDF. Sélectionnez en bas du menu de clic droit l'option "Gérer les pièces jointes", puis "renommer les pièces jointes". Si le résultat n'est pas conforme au modèle souhaité. Changez à nouveau les paramètres des règles de renommage de Zotfile.

Notez que l'option "renommer les fichiers à partir des métadonnées du parent", va inclure le titre de l'article dans le nom du fichier, ce qui n'est pas souhaité dans le cas que nous étudions ici.

 

Une fonctionnalité très utilisée de Zotfile permet de définir un autre répertoire que celui qui est par défaut pour conserver les PDF.

Si vous disposez d'une clé USB, vous pouvez en faire l'essai et spécifier dans les préférences de Zotfile le chemin vers cette clé USB

Il peut être utile de définir un chemin vers un serveur distant (par exemple celui du serveur de son laboratoire) pour économiser de la place sur son ordinateur ou sur ce compte en ligne.

6.5 Comment gérer le stockage de ses PDF avec Zotfile ?

Zotfile a également pour intérêt de permettre une sauvegarde de ses fichiers ailleurs qu'en local ou bien sur l'espace en ligne de Zotero qui est limité à 300 MB par utilisateurs. Il est possible de sauvegarder ses références dans Dropbox par exemple en procédant de la manière suivante :

changer le chemin de sauvegarde des fichiers dans les préférences de Zotero

Changer ensuite ce même chemin dans les préférences de Zotfile

Tout cela est expliqué dans le sketchnote d'Elise Breton ci-dessous :

6.6 Extraire le surlignage et les commentaires d'un PDF sous forme de notes

Si vous surlignez ou commentez un PDF, grâce à Zotfile vous pouvez extraire le contenu surligné et ajouté sous forme de commentaires en notes.

Voici du texte surligné dans un PDF et un commentaire déposé

En faisant un clic droit sur le PDF en question dans Zotero (gérer les pièces jointes > extraire les annotations), vous verrez apparaître sous la référence parente ce contenu sous la forme de note :

Dans cette note, en utilisant italiques dans un cas et guillemets dans l'autres, Zotero fait bien la différence entre votre commentaire (note on p.292) et la citation qui été surlignée à l'origine dans le PDF (Tewell 2016:292) de sorte qu'il n'y ait pas de confusion ni de plagiat par inadvertance possible.

Créer des notes de la sorte à côté d'un PDF permet de se remémorer plus facilement une lecture en allant tout de suite à ce qui a dans le texte retenu le plus notre attention.

Les notes sont rangées les unes sous les autres selon l'ordre chronologique de leur extraction