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Atelier Zotero pour les doctorants

Cet atelier s'adresse aux doctorants. L'ensemble des activités est conçu pour durer 4 heures. Les points 1 à 5 font partie de l'initiation (2 heures) les points suivants de l'approfondissement (2 heures)

Betterbibtex : un plugin conçu pour utiliser Zotero avec un éditeur LaTeX

Il est possible d'utiliser Zotero comme gestionnaire de références bibliographiques tout en éditant son document avec un éditeur LaTeX. Pour cela, il faut charger dans Zotero le plugin BetterbibTex qui a été modifié pour être compatible avec la version 5 de Zotero.

BetterbibTex permet d'attribuer une clé unique à chacune des références que comporte sa bibliothèque Zotero.

Ce plugin permet d'exporter un fichier en .bib dans le répertoire où se trouve le fichier .tex. Ce fichier sera mis à jour automatiquement à chaque ajout d'un nouvel item dans la collection correspondante.

Pour réaliser cela, suivre les étapes ci-dessous.

Chargement de BetterbibTex dans Zotero

Le Plugin peut être téléchargé à cet endroit :

 

Si le navigateur ne supporte pas le chargement direct de ce fichier xpi (c'est le cas avec Firefox<53) procéder comme pour le chargement de Zotfile.

Une fois le chargement de ce plugin dans Zotero réalisé, le logiciel propose d'attribuer une clé unique à tous les items que contient la bibliothèque de l'utilisateur.

Voici ce que cela donne :

génération de clé

Générer le fichier en .bib

Faite sun clic droit sur la collection de références que vous désirez intégrer à votre document.

Dans le menu, sélectionner "exporter la collection"

L'ajout du plugin Betterbibtex permet à cet endroit de disposer d'options nouvelles :

-BetterBibLatex

-BetterBibTex

-BetterBibTex Json, etc.

Si vous travaillez avec un éditeur qui gère du BibLaTeX, choisissez BetterbibLatex

Afin que chaque ajout dans la collection incrémente votre fichier .bib, cochez la case Garder à jour.

Renommez au besoin votre fichier et enregistrez le de préférence dans le même répertoire où se trouve votre fichier .tex

 

Inclure une bibliographie dans un document sous LaTeX

Pour utiliser BibLaTeX, il est nécessaire dans le préambule de faire appel aux packages csquotes et biblatex

\usepackage{csquotes}
\usepackage[backend=biber, style=nature]{biblatex}

 Dans cet exemple, nous utilisons Biber comme programme pour générer une bibliographie avec BibLaTex.

On a également choisi Nature comme style bibliographique. Voici une liste de styles disponibles dans le package biblatex

Il faut ensuite préciser où se trouve le fichier en .bib qu'on vient de générer depuis Zotero. Comme il se trouve dans le même répertoire que notre fichier en .tex, il suffit d'indiquer son nom (en respectant la casse des éléments du nom de fichier)

\addbibresource{references Zotero.bib}

 

Insérer une citation dans le texte

A l'endroit du texte où l'on veut insérer une citation :

aller dans la collection Zotero, sélectionner l'item pertinent, faire Ctrl + Shift + C

Dans le fichier .tex, à l'endroit pertinent, faire un Ctrl + V.
Cela revient à ajouter dans le texte la commande \cite{<clé de l'item>}

Selon la forme voulue, on peut être amené à transformer ce \cite en \parencite (citation entre parenthèse)

Commande Résultat
\cite{<clé>} Jones et al.(1990)
\cite*{<clé>} Jones, Baker, and Smith (1990)
\parencite{<clé>} (Jones et al.,1990)
\parencite*{<clé>} (Jones, Baker, and Smith,1990)
\parencite [chap. 2]{<clé>} (Jones et al.,1990, chap 2)
\parencite [e.g.][]{<clé>} (e.g. Jones et al., 1990)
\parencite [e.g.][p.32]{<clé>} (e.g. Jones et al., p.32)
\citeauthor{<clé>} Jones et al.
\citeauthor*{<clé>} Jones, Baker, and Smith
\citeyear{<clé>} 1990

Source : LE GARREC, Vincent. Formation LaTeX par la pratique,. Institut Universitaire de la Mer, URFIST (Rennes) 11 et 12 janvier 2018

Générer la bibliographie

A l'endroit du document où l'on veut générer la bibliographie (entre \begin{document} et \end{document}, écrire la commande

\printbibliography

Compiler plusieurs fois

éditeur TEXstudio : F6+F6+F6+(F6)

éditeur TEXmaker : F1+F11+F1+(F1)

Note : ces commandes permettent de :

- compiler le document (génération du .aux)

- intégrer la biblio externe (mise à jour du .aux)

- recompiler le document (intégration du .aux)

- recompiler le document une nouvelle fois si nécessaire (pour finaliser les références)

Votre bibliographie devrait apparaître à cet endroit précis.

Utiliser Zotero avec Overleaf (éditeur LaTeX en ligne)

Overleaf est un éditeur LateX en ligne en version freemium. C'est un logiciel libre qui peut aussi être téléchargé sur son ordinateur.

La version collaborative en ligne compte la synchronisation avec Zotero comme une option payante. Si on n'en dispose pas, il est possible d'exporter un fichier de références de Zotero en format .bib et de l'importer ensuite sur son compte utilisateur d'Overleaf, mais la synchronisation le fichier source de Zotero et le fichier destination dans Overleaf n'est pas possible. Il faut donc que le fichier de références soit complet avant d'être importé dans Overleaf, sinon il faudra renouveler l'importation.

La vidéo suivante montre comment faire.

Nous avons reproduit les commandes utiles du guide Formadoct plus haut sur cette page.

 

 

Utiliser Zotero avec Atom (éditeur de texte - texte rédigé en Markdown)

Zotero peut aussi fonctionner avec Markdown en compilant grâce à Pandoc :

  • le fichier .md (votre texte en markdown)
  • le fichier .csl (qui comporte le style bibliographique, par exemple ieee.csl)
  • le fichier .bib (qui comporte la liste des références, comme dans le cas de LaTeX)

Utiliser Zotero avec Obsidian (gestionnaire de notes) - texte rédigé en markdown

 

Prérequis :

- disposer de Zotero avec le plugin BetterBibTeX chargé.
- Avoir téléchargé Pandoc et un éditeur LaTeX sur sa machine pour la conversion du markdown en PDF.
Si la version de Pandoc dont on dispose n'inclut pas le plugin pandoc-citeproc, charger ce plugin.

1. Charger dans Obsidian le plugin qui permet d'importer des données dans Zotero

Comment charger un plugin dans Obsidian ?
    - Paramètres > Plugins Tiers > désactiver le mode sans échec
    - Pour ce plugin, chercher avec "Citations"
    - installer ce plugin
    
2. Créer dans votre espace de travail sur Obsidian un dossier pour l'article à rédiger
    - créer un dossier ( par exemple intitulé 'Publications' )
    - créer une note intitulée 'article' ( qui deviendra le futur article à publier ). Cette note sera visible dans le "Vault" (espace de travail d'Obsidian) avec pour nom de fichier article.md
   

3. Exporter depuis Zotero la collection de références pertinente pour l'article à rédiger

Dans Zotero exporter la collection qui correspond aux références de l'article en la tenant à jour (cocher dans le menu d'export Keep updated). Cette option permet d'ajouter de nouvelles références dans la collection Zotero qui vont automatiquement se retrouver dans le fichier .bib là où il aura été exporté. Appelons ce fichier exporté references.bib (par exemple). Enregistrer le fichier dans le dossier article sous un répertoire qu'on crée à l'occasion (par exemple en l'intitulant par exemple 'references')
 
 4. Indiquer à Obsidian où trouver le fichier de références

Dans les options du plugin, indiquer le nom du répertoire ('références') qui contient le fichier .bib provenant de Zotero. Indiquer le chemin relatif vers le fichier bib : /espacedetravail/references/references.bib

Si le chemin est le bon, le nombre d'enregistrements du fichier bib devrait apparaître.
    
5. Définir un raccourci pour insérer des références

Dans les Paramètres d'Obsidian > raccourcis clavier, paramétrer un raccourci clavier pour insérer une citation en format markdown (Citations: insert markdown citation). Saisissons à cet endroit par exemple la combinaison de chiffres suivante : **Shift + Ctrl + M**. Dans l'article, pour insérer une citation, utiliser le raccourci clavier indiqué plus haut.

6. Convertir le fichier markdown en PDF avec Pandoc

Une fois toutes les références ajoutées, ouvrir dans l'explorateur le répertoire où se trouve le fichier dans lequel on a inséré ces références. Ouvrir un terminal*, taper la commande permettant à Pandoc de convertir ce document markdown en document PDF en utilisant le filtre pandoc-citeproc :

pandoc "article.md" --pdf-engine=xelatex --filter pandoc-citeproc --csl=ieee.csl -f markdown+smart -o article.pdf

On obtient le PDF souhaité avec les références correctement représentées (appels de citation et bibliographie) selon le style choisi dans la commande pandoc (ici IEEE).

* Sur Windows 10, on ouvre un terminal en faisant un SHIFT+clic-droit dans l'explorateur à l'endroit où l'on souhaite ouvrir un terminal et en sélection dans le menu "Ouvrir la Fenêtre Power-Shell ici"