Il existe de nombreux styles de présentation des bibliographies, par défaut, le logiciel Zotero en propose quelques-uns, il est également possible d'en télécharger de  nouveaux via un répertoire de styles.

Pour créer des bibliographies, il est nécessaire dans un premier temps, de prédéfinir un style par défaut :

1. Se rendre dans le menu Préférences de Zotero (Edition > Préférences>Citer)
2. Dans la fenêtre des préférences, choisir l'onglet "Exportation"
3. Dans la liste "Format de sortie par défaut", sélectionnez le style de votre choix
4. Ce dernier sera alors utilisé lorsque vous générerez des bibliographies à partir de Zotero (par glisser/déposer)

Vous pouvez créer une bibliographie par simple glisser-déposer des références de votre bibliothèque Zotero dans un document ouvert (traitement de texte, éditeur) :

Sélectionnez une ou plusieurs références et faites-les glisser à l'emplacement désiré dans votre document. Les références seront formatées en fonction du style spécifié dans le menu Préférences (onglet exportation> Formatage rapide> Format de sortie par défaut).

Vous pouvez également utiliser des raccourcis clavier pour copier-coller des références formatées dans un document :

• Dans votre bibliothèque Zotero, sélectionnez les références de votre choix
• Maintenez appuyées les touches Ctrl+Alt+C (PC) ou Cmd+Shift+C (mac)
• Ouvrez votre document dans un éditeur ou un traitement de texte
• Dans le document, placez le curseur à l'endroit où vous souhaitez ajouter les références formatées,
• Pour finir, appuyez sur Ctrl+Alt+V (PC) ou Cmd+Shift+V (mac)

• Sélectionnez une collection ou les références de votre choix 
• Faites un clic-droit sur celles-ci pour afficher le menu contextuel
• Dans le menu, choisissez "Créer une bibliographie à partir de la collection ou des références sélectionnées"
• Une nouvelle boîte de dialogue apparait, dans la liste déroulante, choisissez le style bibliographique à utiliser pour générer votre bibliographie
• Indiquez le format de document désiré (Rich Text Format (RTF) ou HTML (page Web)). Vous pouvez également choisir d'imprimer le document ou de placer le contenu de la bibliographie dans le presse-papier pour ensuite le coller dans un traitement de texte (Microsoft Word, OpenOffice, LibreOffice Writer, etc)

• Pour finir, cliquez sur OK.

Zotero peut s'utiliser avec un traitement de texte comme Microsoft Word ou LibreOffice Writer, cette fonctionnalité est très utile car elle vous permet de faire des appels de citation, c'est-à-dire d'insérer des références à votre texte en même temps que vous le rédigez.  Pour utiliser cette fonctionnalité, il est nécessaire dans un premier temps, d'installer un nouveau plugin.

Consultez la page suivante ou aller dans les Préférences > Citer > Traitements de texte et cliquez sur le lien "Obtenir des extensions pour traitement de texte" puis vérifiez la compatibilité avec votre traitement de texte (Word, OpenOffice ou LibreOffice) et enfin installer le plugin correspondant.

Une fois le plugin installé, ouvrez votre traitement de texte, vous devriez maintenant voir la barre d'outils Zotero suivante (l'exemple suivant concerne LibreOffice, les icones de word ont un design un peu différent) : 

Grâce à Zotero, il est possible de citer très facilement des références issues de sa bibliothèque. Une fois l'extension pour votre traitement de texte installée (voir ci-dessus). Placez votre curseur à l'endroit de votre document où vous souhaitez insérer une citation. Cliquez ensuite sur le bouton  de la barre d'outils Zotero. Une boîte de recherche apparaîtra et vous permettra en tapant quelques mots ou un nom, de retrouver la référence désirée.

Un clic sur cette dernière permet d'ajouter des informations additionnelles avant ou après la citation (comme le n° de la page concernée, etc). Après avoir complété les informations, il suffit de ciiquer sur ENTRÉE pour ajouter l'appel de citation. Il est également possible de taper directement le numéro de page  (p. x) à côté de la référence. Il sera alors automatiquement reconnu et ajouté à la citation tout en respectant le style bibliographique retenu pour ce document.