Les utilisateurs de Zotero ont la possibilité de synchroniser leur bibliothèque de références ainsi que les fichiers attachés en ligne, sur le serveur de Zotero.org. Cette fonctionnalité permet, à la fois, de créer des copies de sauvegarde de votre bibliothèque mais aussi de pouvoir accéder à votre bibliothèque Zotero où que vous soyez, à partir du moment où vous disposez d'un accès Internet.

Pour activer cette fonctionnalité, il est nécessaire de se créer un compte Zotero, en renseignant le formulaire disponible à cette adresse.

Pour pouvoir utiliser Zotero sur plusieurs ordinateurs, partager des références avec des groupes, ou sauvegarder votre bibliothèque sur le serveur Zotero, saisissez votre identifiant et votre mot de passe Zotero dans l'onglet "Synchronisation" des préférences Zotero (voir ci-dessous).

Vous pourrez ensuite régler la synchronisation : elle peut être automatique ou non. Vous pouvez également choisir de synchroniser vos références seules, ou accompagnées de leurs pièces jointes, les PDF lorsque vous avez collecté le texte intégral.