Zotero offre plusieurs possibilités de tri sur les références.

Le panneau central présente les références sous la forme de colonnes (Titres, Créateur, date). Chacune de ces colonnes permet d'effectuer un tri sur les références. Par exemple, classer les références par ordre alphabétique des titres, des auteurs, etc.

Enfin, à l'aide du bouton , il est possible d'afficher de nouvelles colonnes pour la présentation des références (type, publication, éditeur, langue, accédé, etc)

Par défaut, vous disposez d'un dossier (collection) "Ma bibliothèque" . Ce dossier ne peut être ni renommé ni supprimé, y seront déversées toutes les références récupérées via Zotero.

A côté de cela, Zotero permet de créer de nouvelles collections et y déplacer vos références.

En organisant votre bibliothèque, vous rendez plus facile la recherche et l'identification de vos références.

Les collections sont des dossiers qui vous aident à classer vos références. Elles sont visibles sur le panneau gauche de Zotero. Pour ajouter une nouvelle collection à votre bibliothèque Zotero :

1. Cliquez sur le bouton ajouter une nouvelle collection  
2. Indiquez ensuite l'intitulé de la collection

Pour créer une sous-collection, il suffit de déplacer (glisser-déposer) un dossier dans un autre.

Si vous souhaitez ajouter des éléments de votre bibliothèque dans votre nouvelle collection :

1. Placez-vous sur Ma bibliothèque ou sur une collection ;
2. Sélectionnez les éléments que vous souhaitez déplacer - maintenir la touche Ctrl (PC) ou Commande (Mac) - au niveau du panneau central de Zotero ;
3. Cliquez sur la sélection et faites-la glisser dans la collection de votre choix (panneau de gauche).

• Les éléments seront copiés dans la collection, toutefois, cela ne les supprime pas du dossier "Ma bibliothèque".
• Un élément peut être classé dans plusieurs collections différentes.

Zotero propose une fonction de dédoublonnage très pratique. Pour afficher et isoler les doublons potentiels de votre bibliothèque Zotero, cliquez sur  .

Ce dossier vous présente les références en double. Pour opérer un dédoublonnage, il suffit de cliquer sur la référence de votre choix (attention, le dédoublonnage ne fonctionne que sur des références appartenant au même type de document), le panneau de droite devrait alors s'afficher, vous permettant de fusionner les deux références. Vous pouvez basculer d'une référence à une autre en cliquant sur sa date de création, ce système vous permettra de retenir la référence la plus complète pour effectuer le dédoublonnage.

D'autre part, l'icône disposée en face de certains éléments de description (auteurs, résumé, année, etc) permet d'indentfier les différences entre chacune des références concernées. il est ainsi possible de sélectionner les informations que vous souhaitez conserver après fusion de ces dernière (en cliquant sur "Fusionner 2 documents").

Pour supprimer une référence d'une collection :

• Placez-vous dans la collection en question ;
• Sélectionnez la référence à supprimer dans le panneau central de Zotero ; 
• Appuyez sur "touche Suppr" de votre clavier ou  faites un clic droit et choisissez "Retirer le document de la collection". 

Notez que cela ne fera que supprimer la référence de la collection, cette dernière sera toujours accessible dans le dossier "Ma bibliothèque".

Si vous faites cela à partir de "Ma bibliothèque", la référence ainsi que les notes et fichiers qui lui sont associés seront déplacés dans la corbeille .

Ajouter des marqueurs (tags), permet de classer les éléments grâce aux mots-clés : les marqueurs sont utilisés par le moteur de recherche de Zotero ou dans les filtres (voir le paragraphe sur la fenêtre générale des marqueurs et le chapitre consacré à la chronologie pour plus de détails sur les filtres).

Afficher la fenêtre des marqueurs (panneau de gauche)

Les marqueurs qui s’affichent dans cette fenêtre correspondent aux marqueurs associés aux références de la collection actuellement sélectionnée.

Les marqueurs sont très utiles pour effectuer une recherche sur votre bibliothèque, par exemple, la sélection d'un ou plusieurs marqueurs vous permettra de filtrer la liste des références visibles dans le panneau central. 

Un champ de recherche vous permet également de filtrer la liste de vos marqueurs :

Un clic-droit sur un marqueur permet de le supprimer ou de le renommer (sur tous les éléments auxquels il a été rattaché).

1. Sélectionnez la référence que vous souhaitez décrire à l'aide d'un marqueur
2. Dans le panneau de droite, cliquez sur l'onglet "Marqueurs"
3. Cliquez enfin sur "Ajouter" et saisissez votre nouveau marqueur

Pour appliquer un marqueur à plusieurs éléments en même temps :

1. Sélectionnez une ou plusieurs références dans le panneau central
2. Déplacez la sélection sur un marqueur présent dans la fenêtre des marqueurs (panneau de gauche)

Les marqueurs déjà présents lors du chargement de la référence depuis un site (comme Google Scholar) sont signalés par , les marqueurs que vous ajouterez par la suite le seront par  .

Il est possible de caractériser certains tags en leur attribuant une couleur et en donnant un sens à cette couleur ("à lire absolument", "sujet important"...) ; il suffit de cliquer du côté droit de la souris sur un tag pour faire apparaître le menu contextuel et la fenêtre permettant cette opération :