Dans sa version 5, Zotero doit s'installer en version indépendante du navigateur, dite "Standalone". Vous pouvez télécharger cette version à cette adresse, elle existe en version Windows, MacOS X, Linux 32bits ou Linux 64bits.

Une fois téléchargée, cette version s'installe comme tout autre logiciel sur votre système d'exploitation. Cependant pour pouvoir l'utiliser avec un navigateur, il est nécessaire d'installer un connecteur spécifique au navigateur de votre choix. Les navigateurs supportés sont Firefox,  Chrome et Safari.

Pour collecter des références à partir de votre navigateur, il est important que Zotero soit au préalable lancé sur votre ordinateur. Toutefois, une option permet également de sauvegarder les références collectées à partir de Firefox, Chrome ou Safari directement dans sa bibliothèque en ligne sur le serveur Zotero.org.

Dans Chrome, par exemple, ouvrez les Préférences puis dans l'onglet Extensions, repérez "Zotero Connector for Chrome", cliquez ensuite sur Options. Dans la section "Authorization", cliquez sur "Authorize". Une fenêtre vers le site Zotero s'ouvre vous demandant de vous connecter sur votre compte Zotero, puis d'autoriser votre navigateur. Cliquez enfin sur "Accepts default" pour valider votre choix.

Si vous avez déjà installé et utilisez la version 4 de Zotero, une mise à niveau vers la version 5 va vous être proposée. Vous pouvez également désinstaller la version 4 puis réinstaller la version 5 sans attendre.

Par sécurité et pour ne perdre aucune données, pensez bien à synchroniser

 votre compte en ligne pour avoir une sauvegarde à jour.