Les index généraux ou thématiques (de noms propres, etc.), s’ils existent, doivent être générés de façon automatique.

Elle reprend, par ordre d'apparition, la liste des titres de chapitres, sections et sous-sections, avec leur numérotation, avec précision du numéro de page. Les documents placés en annexe doivent figurer en fin de la table des matières.

Ces tables (liste des tableaux, liste des figures, liste des cartes, etc)  répertorient les graphiques, les tableaux, les cartes ou autres illustrations selon l'ordre d'apparition dans la thèse, en indiquant le numéro, la légende ou le titre, ainsi que le numéro de page de chacune de ces illustrations.

Elles peuvent en indiquer la source si cette information n'est pas déjà précisée sous l'illustration elle-même.

Ces tables sont placées après la table des matières.

Une liste de références bibliographiques recense la totalité des documents consultés au cours de la recherche et cités dans le texte de la thèse.

Une bibliographie recense la totalité des documents qui font référence sur le sujet traité, qu'ils soient cités ou non dans le texte de la thèse.

Les éléments de la bibliographie peuvent être classés par ordre alphabétique d’auteur ou de titre pour les œuvres anonymes (plus de 3 auteurs), ou par ordre d’apparition dans le texte suivant la discipline.

Il est vivement conseillé de les numéroter, avec renvoi depuis le texte vers la bibliographie. Chaque élément doit être nettement séparé de l'élément suivant (par un point ou un tiret).

La même présentation doit être suivie tout au long de la publication. Les principaux formats par défaut des logiciels de gestion de bibliographie sont acceptés. Pour les cas complexes, se référer à la norme AFNOR Z 44-005 (Références bibliographiques, contenu, forme et structure).

Si des documents utilisés pour la thèse sont proposés en annexe (une édition de texte, un protocole d’enquête, un résumé d’expérience, etc.), une liste doit en être dressée et figurer à la fin de la table des matières.