Comme toute œuvre de l'esprit, la thèse ne peut être diffusée largement sans l'autorisation de son auteur. Si celui-ci autorise cette  diffusion sur Internet de sa thèse, il devra être vigilant sur le respect des points suivants :

• Dans le cas où la thèse est une œuvre collective, le doctorant devra obtenir de la part des co-auteurs un accord écrit unanime, avant la diffusion en ligne.

• Dans le cas d'une thèse intégrant des œuvres qui ne lui appartiennent pas, le docteur devra obtenir de la part des auteurs une autorisation de diffusion, quel que soit le support (image, document imprimé, carte, extrait musical ou audiovisuel).
• L'exception pédagogique permet d'utiliser des extraits d'œuvres soumises au droit d'auteur sans l'autorisation expresse de celui-ci, à condition que cette utilisation soit non commerciale.

Par défaut, les autorisations de diffusion sont renseignées par le doctorant dans le bordereau d'enregistrement national, lors de la procédure de dépôt.

Néanmoins, certains établissements demandent également à ce qu'un contrat de diffusion soit signé entre les deux parties, afin de préciser les modalités d'exploitation et de diffusion de la thèse.

En effet, si le doctorant peut publier sa thèse chez un éditeur commercial, celui-ci ne pourra proposer de contrat d'exclusivité, dans la mesure où il existe déjà un contrat de diffusion signé avec l'établissement de soutenance.

Néanmoins, le doctorant possède de par son statut d'auteur les droits d'exploitation de son œuvre. De ce fait, il peut différer la diffusion de son travail en décidant d'un embargo lors de la signature du contrat de diffusion avec son établissement de soutenance. Cet embargo lui laisse la possibilité de négocier un contrat avec un éditeur commercial éventuel.

En France, la diffusion des thèses est régie par l'arrêté du 25 mai 2016 relatif aux modalités de dépôt, de signalement, de reproduction, de diffusion et de conservation des thèses ou des travaux présentés en soutenance en vue du doctorat, mais aussi par le Code de la Propriété Intellectuelle.

La demande de confidentialité peut émaner du doctorant lui-même ou de son jury.

C'est au responsable de l'établissement délivrant le titre de docteur qu'il revient de décider de la confidentialité d'une thèse, ainsi que de sa durée de confidentialité.

Une thèse soumise à une clause de confidentialité ne pourra être diffusée, reproduite, communiquée pendant la durée de confidentialité définie, quand bien même le docteur, en tant qu'auteur, le souhaiterait.

Comme toute thèse soutenue, elle est obligatoirement signalée dans le Sudoc avec la mention de confidentialité et sa durée.

Une thèse jugée non confidentielle est obligatoirement communicable à minima au sein de l'établissement de soutenance.