EndNote propose une fenêtre de recherche qui permet de faire une requête complexe en combinant les termes, en recherchant sur des champs particuliers, etc.

La requête peut être sauvegardée et faire l'objet d'un groupe (Smart Group); dans ce cas toutes les nouvelles références importées  dans la base EndNote et correspondant à la requête, seront placées automatiquement dans ce groupe.

• Collecter des fichiers

Tout type de fichier (Access, Excel, Powerpoint, HTML, etc.) s'attache manuellement à chaque référence. Une même référence peut contenir plusieurs fichiers attachés.

A partir de la version EndNote X4, une recherche Find Full Text  permet l'attachement automatique de textes intégraux à des références. Le système utilise notamment les informations du champ DOI, du lien Pubmed linkout, d'une open URL pour les localiser.

Il est plutôt conseillé de sauvegarder les fichiers en lien relatif, comme le propose par défaut EndNote : les fichiers seront ainsi stockés dans un dossier .Data sous la même racine que la base EndNote. La copie ou l'envoi par mail d'une version compressée de la base EnNote intègrera ainsi tous les fichiers joints.

• Collecter des images

Les illustrations (fichiers de type BMP, GIF, JPEG, TIFF...) qui serviront dans la thèse ou une publication seront à insérer dans EndNote. Le principe est d'attacher une illustration maximum par référence, en précisant à chaque fois la légende.

Les différents fichiers associés aux références sont placés dans un répertoire .Data.

• répartir ses références dans des groupes
• manuellement, en créant des dossiers et en y déplaçant les références sélectionnées (Custom Group)
• automatiquement, en lançant une recherche et en enregistrant la requête comme un groupe (Smart Group)

• trier ses références
• en cliquant sur l'intitulé d'un champ dans la page d'affichage des résultats
• en utilisant l'item du menu References pour un tri sur plusieurs critères

Lors de la saisie d'une référence EndNote enregistre les noms d'auteur, les titres de revues et les mots clés dans 3 listes de termes. Ces index garantissent l'homogénéité des formes saisies. Par exemple, en tapant les premiers mots d'un titre de revue le système propose le titre entier s'il est déjà dans la liste des noms de revues.

Des listes entières de titres de revues peuvent être importées pour faciliter la saisie. L'utilisateur peut créer lui-même ses propres listes de termes.

EndNote permet de supprimer les doublons, lors de l'importation d'un fichier ou par recherche dans la base.

Les critères de dédoublonnage sont paramétrables. Par défaut EndNote considère que deux références sont identiques si elles présentent le même contenu dans les champs type de référence, auteur, titre et année.

Vous pouvez modifier le contenu de tous les champs des références, référence par référence ou par lot. Les champs Label ou Note sont utiles pour enrichir la référence avec ses propres mots clés et commentaires.

A partir de la version X5, l'utilisateur dispose d'une fenêtre pour afficher et annoter les documents PDF liés aux références.

Les modalités de gestion sur EndNote Web sont plus limitées que sur la version locale.

1. Seule la création manuelle de groupes est possible
2. La liste des références peut être triée uniquement par auteur, titre ou année
3. La recherche porte d'office sur l'ensemble des champs, sur toute la base ou un groupe particulier
4. La recherche de doublons est prédéfinie et non paramétrable
5. EndNote Web ne gère pas de listes de termes
6. Il n'est pas possible d'annoter les PDFs

• Reference Update (à partir de la version X.5) : permet d'obtenir à partir d'internet une mise à jour de sa référence enregistrée sous EndNote. Cas pratique :  une référence saisie "Sous presse" et donc partiellement incomplète. L'activation de cette fonction permettra de récupérer automatiquement les informations bibliographiques  (année, volume (numéro), pages) une fois que le document sera édité.
• Pour transférer des références d'une base EndNote à une autre, ou fusionner deux bases entre elles : ouvrir les deux bases dans deux fenêtres séparées, sélectionner les références à transférer et faire un simple Cliquer-Glisser de la base source vers la base cible.