Lorsque vous créez un compte Zotero, il est possible de rendre sa bibliothèque publique sur le web. Pour contrôler les options de confidentialité sur sa bibliothèque, vous devez vous rendre sur votre compte Zotero.org. Une fois identifié, cliquez sur Settings, puis dans la nouvelle page, sélectionnez "Privacy".

Ici, vous pouvez choisir parmi trois options :

• Publish entire library (publier votre bibliothèque en ligne)
• Publish notes (publier également les notes)
• Hide from search engines (Faire en sorte que votre bibliothèque ne soit pas indexée par les moteurs de recherche)

Si vous choisissez de publier votre bibliothèque, elle sera accessible à partir de votre profil sur le site Zotero.org (URL sous la forme de http://www.zotero.org/votre-nom-d-utilisateur/items).

Les Groupes Zotero permettent à plusieurs utilisateurs de collaborer en ligne sur une même bibliographie : partager des références, des notes, etc. Tout utilisateur possédant un compte Zotero peut créer un groupe. 

Dans le logiciel Zotero :

•  cliquer sur l'icône située à gauche  Nouvelle bibliothèque puis sur Nouveau Groupe  ;

• la page zotero.org s'ouvre, se connecter ;
• entrer le nom du groupe et choisir sa confidentialité : groupe public à participation ouverte, groupe public à participation restreinte ou groupe privé ;
• une seconde page invite à entrer des informations supplémentaires facultatives (domaine de la bibliographie, image, description, etc.) ;
• cliquer sur Save settings pour enregistrer le groupe ;
• la bibliothèque de groupe apparaît dans Zotero, sous la bibliothèque personnelle.

Les groupes Zotero peuvent être privés, publics avec une adhésion des membres de type "fermée" (modérée par l'administrateur, sur invitation) ou "ouverte" (toute le monde peut devenir membre). Lors de la création du groupe vous pouvez choisir parmi trois niveaux de visibilité :

• Public, Open Membership : est visible par tous sur le site Zotero.org, n'importe quel utilisateur peut rejoindre le groupe sans invitation. Si le groupe dispose d'une bibliothèque publique, les administrateurs du groupe peuvent l’afficher ou la cacher complètement ou en partie (collections) aux non-membres.  Il est possible de transformer un groupe public en groupe privé, dans ce cas, le groupe aura une page d'information publique, mais la bibliothèque restera cachée.
• Public, Closed Membership : est visible par tous sur le site Zotero.org, mais seuls les utilisateurs invités peuvent rejoindre le groupe. Si le groupe dispose d'une bibliothèque publique, les administrateurs du groupe peuvent l’afficher ou la cacher complètement ou en partie (collections) aux non-membres. Il est possible de transformer un groupe public en groupe privé, dans ce cas, le groupe aura une page d'information publique, mais la bibliothèque restera cachée.
• Private Membership : est visible uniquement par les membres du groupe ou les utilisateurs invités. Les groupes privés ne possèdent pas de page d'information. De plus, ils ne sont pas indiqués sur les profils publics des membres et n’apparaissent pas dans les résultats du moteur de recherche de Zotero.org.

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Il est possible d'alimenter et de réorganiser sa bibliothèque en ligne:

Créer une référence bibliographique manuellement
Modifier une référence
Supprimer une ou des références bibliographiques Attention ! La suppression s'effectue dans tous les dossiers dans lequel est présente la référence mais aussi dans la bibliothèque.
Déplacer dans des collections (mettre ou enlever)



Il est possible de réorganiser ses collections (créer, renommer ou supprimer)

Avec le bouton "Bookmarklet Zotero", disponible sur le site de Zotero,on peut sauvegarder un site web ou une référence bibliographique. Pour cela, il suffit de glisser-déposer le bouton dans la barre de votre navigateur. Un bouton utile notamment pour les sites non zotero-compatibles !