• Le Haut Conseil à l’Evaluation de la Recherche et de l’Enseignement Supérieur (HCERES)

Créée en 2006 par la loi programme pour la recherche, l'AERES, autorité administrative indépendante, était chargée de l'évaluation de l'enseignement supérieur et de la recherche publique. Sont évalués les activités de recherche, les formations dispensées et les diplômes délivrés par les universités, grandes écoles et organismes de recherche. Cette évaluation porte entre autres sur les publications des unités de recherche.

Très critiquée pour la lourdeur de ses procédures et la distribution de notes, cette agence a été supprimée en 2013, par la loi n°2013-660 du 22 juillet 2013 relative à l'enseignement supérieur et à la recherche, qui a substitué à l'AERES "une agence nationale entièrement redéfinie à partir des principes d'indépendance, de simplicité de fonctionnement et de procédures ainsi que de légitimité scientifique et de transparence", selon la déclaration du ministre de l'enseignement supérieur, Geneviève Fioraso à la Conférence des présidents d'université du 20 décembre 2013.
Le HCERES hérite des trois grandes missions d'évaluation dévolues auparavant à l'AERES, à savoir celle des établissements, des laboratoires et des formations.

• L'Observatoire des sciences et des techniques (OST)

Créé en 1990, l'OST est un groupement d'intéret public (GIP) interministériel. Il regroupe 15 institutions membres, parmi lesquelles 4 ministères, la Conférence des Présidents d'Universités (CPU), l'Association Nationale de la  Recherche et de la Technologie (ANRT) ainsi que les princiapux organismes de recherche (CEA, INSERM, CNRS...)

Il joue le rôle de service d'appui et d'accompagnement à l'analyse stratégique et au pilotage des politiques publiques en matière de recherche et d'innovation. Il conçoit et produit indicateurs et analyses à cet effet. "L'OST a pour mission de concevoir des analyses pour l'élaboration de stratégie relatives à l'enseignement supérieur, la recherche et l'innovation (ESRI)."

La loi du 22 juillet 2013 relative à l'enseignement supérieur et à la recherche, qui a créé le HCERES, prévoyait l'intégration à celui-ci de l'OST, intégration réalisée en novembre 2014.

• L'Agence nationale de la recherche (ANR)

Cette agence de moyens a vu le jour en 2005. L’ANR a pour mission « de gérer de grands programmes d’investissements de l’Etat dans le champs de l’enseignement supérieur et de la recherche, et de suivre leur mise en œuvre ». Son activité consiste à financer des projets de recherche scientifique ou technologique, à sélectionner les équipes de recherche, à les accompagner. 

Par le biais d'appels à projet,  l'ANR sélectionne les équipes de chercheurs en s'appuyant sur l'avis d'experts nationaux et étrangers. Ceux-ci  évaluent entre autres les publications de l'équipe postulante pour établir sa compétence et son antériorité sur le sujet lié au projet.

• Les classements existants

A. Le « classement de Shanghai » ou ARWU (Academic Ranking of World-class Universities) est le plus connu des classements internationaux d’universités.  Médiatique mais très critiqué pour les critères d'évaluation retenus.

Les six critères utilisés sont :

1. Nombre de prix Nobel et de médailles Fields parmi les anciens élèves
2. Nombre de prix Nobel et de médailles Fields parmi les chercheurs
3. Nombre de chercheurs les plus cités dans leur discipline
4. Nombre d'articles publiés dans Nature  et Science
5. Nombre d'articles indexés dans Science Citation Index, et Arts & Humanities Citation Index
6. Performance académique au regard de la taille de l'institution (La somme pondérée des cinq indicateurs précédents divisée par le nombre de chercheurs (équivalent temps-plein)

B. D’autres classements :

• THE (classement du Times) : le journal britannique Times Higher Education publie depuis 2004 un palmarès des universités mondiales également très médiatisé. Les six critères du Times Higher Education-QS World University Rankings couvrent l'enseignement et la recherche et font appel à des données bibliométriques mais également à des mesures de réputation, auprès des pairs et des employeurs, récoltées par sondage.
   
• Leiden (Pays-bas) : le Centre d'Etude des Sciences et Technologies (CWTS) de l'Université de Leiden publie chaque année plusieurs classements d'universités. Ce classement associe plusieurs indicateurs bibliométriques.
   

• U-Multirank : U-Multirank est une alternative européenne à ces classements. Il s'agit d'un comparatif des universités, réalisé par l'Union Européenne et ouvert en mai 2014. Les classements mondiaux actuels pénalisent en effet sérieusement les universités allemandes et françaises, non que celles-ci soient mauvaises, mais parce que les critères de notation ne leur correspondent pas. En effet, en Europe, quelques pays adoptent un système universitaire très différent du système anglo-saxon ou chinois. Les classements du Times ou de Shanghai sont essentiellement basés sur la recherche dans les universités (prix nobels,nombre de chercheurs) et non pas sur la qualité de l'enseignement. Le U-Multirank intègre ainsi plusieurs familles de critères : enseignement, recherche, transfert, internationalisation et implantation régionale.