Le Web of Science (WOS) est une base produite par Thomson Reuters et accessible sur abonnement. C'est la ressource de référence pour les rapports d’évaluation des unités de recherche, les rapports de l’Observatoire des Sciences et Techniques (OST), le classement de Shanghai, le classement du Times Higher Education… Elle n'est pas exempte de critiques : couverture essentiellement anglo-saxone, quasi absence des sciences humaines et sociales, de l'économie et des finances, de l'informatique, des mathématiques et de certains domaines l'ingénierie, et peu de traitement des affiliations et des références citées...

La liste des revues indexées dans le WOS  sont réparties par domaine :

Social Sciences Citation Index
Arts and Humanities Citation Index
Science Citation Index EXpanded

Le mode de sélection des revues du WOS : http://wokinfo.com/essays/journal-selection-process/

Outil concurrent du WOS, Scopus est un produit de l'éditeur Elsevier, accessible sur abonnement. La base propose les mêmes fonctionnalités (analyse des résultats par exemple par affiliation, par pays, classement par nombre de citations, recherche dans les références citées, etc.) et les mêmes types d'indicateurs que Thomson Reuters (nombre de citations par article, indice h, nombre moyen de citations par auteur, ...).

Comme dans le WOS, la base est clairement identifiée ; on connait la liste des revues indexées (http://info.sciencedirect.com/scopus/france/) et c'est important pour l'analyse. Comme dans le WOS, les données (adresse des auteurs, noms d'auteurs, références citées...) sont retranscrites telles qu'elles apparaissent dans les revues sources. Même s'il y a un travail de "nettoyage" et que les producteurs de ces bases encouragent les auteurs à leur signaler les erreurs, les données ne sont pas forcément homogènes et complètes, ce qui rend le résultat des analyses relatif.

Si Scopus intègre davantage de titres de revues que le WOS, notamment en sciences humaines et sociales, l'antériorité des citations est à ce jour moins grande car la base n'intègre les références citées qu'à partir de 1996 (contre 1900 pour le WOS ou 1975 dans le cadre des abonnements courants). Ce sont les deux grandes différences aujourd'hui entre ces deux bases commerciales.

Le Journal Citation Report rassemble, autour du facteur d'impact, plusieurs indicateurs sur les revues : indice d'immédiateté, âge médian des articles cités, quartiles,…
Le rapport est produit tous les ans par Thomson Reuters et est accessible uniquement sur abonnement.

Autre produit payant de Thomson Reuters, Essential Science Indicators (ESI) part des données de citations du WOS pour extraire les pays, établissements, auteurs et revues les plus cités sur une moyenne de 10 ans, dans les grands domaines disciplinaires définis par la base. Toutes les pays, instituts,... n’apparaissent pas dans tous les domaines dans les classements. Par exemple, pour qu’un établissement soit intégré dans le classement institutionnel, le nombre cumulé de citations doit atteindre un seuil de citations cumulées de 1% du nombre de citations totales dans le domaine considéré.

Cet outil met aussi en avant les publications "très souvent cités" (highly cited, top 1%) par domaine sur les 10 dernières années et ceux qui ont été "les plus en vue" (hot papers, top 0,1%) par domaine, c.a.d ceux qui ont reçu le plus grand nombre de citations, le plus vite, au cours des 2 dernières années.

Certaines données de ESI sont compilées et publiées en libre accès sur le site Science Watch : http://archive.sciencewatch.com/dr/rfm/

SIGAPS (Système d’Interrogation, de Gestion et d’Analyse des Publications Scientifiques) est une base française de recensement et d'analyse des publications mise en place pour tous les Centres Hospitaliers Universitaires (CHU) français à partir des données de la base Medline. L'acces est restreint.

Google Scholar est le navigateur "scientifique" de Google. Il affiche les citations de publications scientifiques sur l'ensemble du web indexé par le navigateur. Il propose aussi un outil de référencement personnel : My citations.

Google Scholar a l'avantage d'être gratuit et de couvrir des publications dans tous les domaines et sous toutes les formes (communications aux colloques, rapports, brevets, thèses, ouvrages…). Pour le calcul de ses indicateurs, il opère une certaine sélection : http://scholar.google.fr/intl/fr/scholar/metrics.html#coverage.

Néanmoins, et c'est la grande différence avec le WOS et Scopus, on ne connaît pas le périmètre exact des sources prises en compte pour le calcul des citations ; il n'y a pas de sélection des revues, ni d'assurance que la liste soit stable ; il n'y a pas de traitement des doublons, triplons... etc. Il ne permet pas non plus de recherche sur les affiliations comme le WOS ou Scopus.

Faculty of 1000 est une base payante spécialisée dans le domaine biomédical qui propose notamment une sélection d'articles commentés et évalués par un réseau de scientifiques et un classement de ces articles par domaine (F1000Prime).

CiteseerX est une archive ouverte spécialisée en informatique et mathématiques appliquées qui indexe les citations et propose des classements. Elle est constituée par moissonnage des publications à partir des sites web gratuits et n'inclue donc pas les sites d'éditeurs accessibles par abonnement.

Citebase (beta) calcule le nombre de téléchargements et les délais avant citation à partir d’archives ouvertes (ArXiv, ECS EPrints, Soton EPrints). Elle est spécialisée dans les domaines de la physique et de l'astronomie.

Publish Or Perish (PoP) de Harzing est un logiciel gratuit qui utilise les données de Google Scholar. Il couvre donc tous les domaines et tous les types de publications mais comporte aussi les mêmes limites que celles de Google Scholar. PoP publie de nombreux indicateurs bibliométriques : http://www.harzing.com/pop.htm#about

SCImago Journal & Country Rank est un portail ouvert d'analyses bibliométriques produites à partir des données de Scopus. Il héberge les données de l'indicateur SJR (SCImago Journal Rank).