Pour un doctorant reconnu coupable de plagiat, les sanctions administratives et judiciaires peuvent être très dures : annulation de soutenance, annulation de thèse, annulation de qualification CNU (Conseil National des Universités).

• annulation de la soutenance :
  "Philippe Coudraud, auteur d’une thèse inédite sur Marcel Duchamp (Paris 10, 2005), a pu empêcher la soutenance à Liège en 2007 d’une thèse plagiant la sienne et obtenir en mars dernier un jugement favorable du TGI de Paris." (d'après La question du plagiat)
   
• annulation de la thèse :
  Pour la première fois en 2010, le Conseil scientifique de l'Université de Paris 8 a décidé de l'annulation du diplôme lié à une thèse plagiat. D'autres exemples sur le blog Archéologie du "copier-coller"

Extrait du site du Conseil National des Universités : Recommandations pour la qualification aux fonctions de maitre de conférences

"La Section est au regret de devoir mettre en garde très formellement les candidats contre la pratique, de moins en moins exceptionnelle, consistant pour un auteur à ne pas citer rigoureusement ses sources d’information ou d’inspiration, certaines omissions pouvant relever de procédés non conformes à la déontologie universitaire.

Quelquefois même, elle a dû déplorer des cas plus ou moins caractérisés de plagiat, qui consiste à recopier la lettre même de ce qui a pu être écrit antérieurement par d’autres auteurs, sans leur reconnaître, par des guillemets appropriés et par une indication bibliographique convenable, la paternité des lignes en cause. Sans aller jusqu’à ce point, il arrive trop souvent que les auteurs, tout en citant leurs sources, les recopient plus ou moins textuellement, mais sans utiliser les guillemets ou en les utilisant de manière ponctuelle et parcimonieuse ; dans d’autres cas, pour se justifier implicitement - mais maladroitement - de ne pas recourir à cette convention typographique, ils s’appliquent à ne modifier que quelques mots dans la phrase dont ils ne sont pas les auteurs réels, citant simplement, en notes de bas de page, le nom des auteurs dont ils reprennent les propos, mais aussi, quelquefois, en oubliant de le mentionner ou en ne le faisant qu’une seule fois, bien plus haut dans le texte, ou encore bien plus bas... Il est à peine nécessaire de souligner que ces pratiques sont inadmissibles et indignes d’universitaires, tout en desservant très fortement ceux qui s’y livrent..."

Même s'il n'est pas sanctionné administrativement ou juridiquement, la sanction morale, pour un doctorant ou un enseignant-chercheur surpris à plagier, est sans aucun doute la plus dure, car elle touche au bien le plus précieux dans le monde académique : la réputation.

"«La perte de la réputation, c'est la chose la plus terrible qui puisse arriver à un scientifique, a souligné Cédric Villani" (Détruy, Myriam, Institut Curie. « L’intégrité scientifique, enjeu de la recherche. Dossier. ». La Recherche, l’actualité des sciences [En ligne]. juin 2012)

Le discrédit jeté sur un chercheur coupable de plagiat est d'autant plus sévère sur internet, où rien ne s'efface vraiment.

Pour un doctorant, le risque du plagiat est donc particulièrement élevé, car ce n'est pas seulement sa thèse qui peut être invalidée, c'est toute sa carrière de futur chercheur qui peut être compromise, voire ruinée.

"Il faut en être conscient : être convaincu de plagiat est une épreuve terrible, surtout pour le plagiaire involontaire. C’est une humiliation profonde. On s’expose à perdre la confiance de son directeur de thèse, de ses collègues, de son éditeur, de ses étudiants, de ses lecteurs…" (Truchet, Didier, Ecole doctorale Georges Vedel, Université Panthéon Assas (Paris 2). "Prohibition et prévention du plagiat. [en ligne]. 2009) .