Zotero offre plusieurs possibilités de tri sur les références.

Le panneau central présente les références sous la forme de colonnes (Titres, Créateur, date). Chacune de ces colonnes permet d'effectuer un tri sur les références. Par exemple, classer les références par ordre alphabétique des titres, des auteurs, etc.

Enfin, à l'aide du bouton , il est possible d'afficher de nouvelles colonnes pour la présentation des références (type, publication, éditeur, langue, accédé, etc)

Par défaut, vous disposez d'un dossier (collection) "Ma bibliothèque" .  Ce dossier ne peut être ni renommé ni supprimé. Toutes les références collectées via zotero y seront déposées.

A côté de cela, Zotero permet de créer de nouvelles collections et y déplacer vos références.

En organisant votre bibliothèque, vous rendez plus facile la recherche et l'identification de vos références.

Les collections sont des dossiers qui vous aident à classer vos références. Elles sont visibles sur le panneau gauche de Zotero. Pour ajouter une nouvelle collection à votre bibliothèque Zotero :

1. Cliquez sur le bouton ajouter une nouvelle collection  
2. Indiquez ensuite l'intitulé de la collection

Pour créer une sous-collection, il suffit de déplacer (glisser-déposer) un dossier dans un autre.

Si vous souhaitez ajouter des éléments de votre bibliothèque dans votre nouvelle collection :

1. Placez-vous sur Ma bibliothèque ou sur une collection ;
2. Sélectionnez les éléments que vous souhaitez déplacer - maintenir la touche Ctrl (PC) ou Commande (Mac) - au niveau du panneau central de Zotero ;
3. Cliquez sur la sélection et faites-la glisser dans la collection de votre choix (panneau de gauche).

• Les éléments seront copiés dans la collection, toutefois, cela ne les supprime pas du dossier "Ma bibliothèque".
• Un élément peut être classé dans plusieurs collections différentes.

Zotero propose une fonction de dédoublonnage très pratique. Pour afficher et isoler les doublons potentiels de votre bibliothèque Zotero, cliquez sur  .

Ce dossier vous présente les références en double. Pour opérer un dédoublonnage, il suffit de cliquer sur la référence de votre choix (attention, le dédoublonnage ne fonctionne que sur des références appartenant au même type de document), le panneau de droite devrait alors s'afficher, vous permettant de fusionner les deux références. Vous pouvez basculer d'une référence à une autre en cliquant sur sa date de création, ce système vous permettra de retenir la référence la plus complète pour effectuer le dédoublonnage.

D'autre part, l'icône disposée en face de certains éléments de description (auteurs, résumé, année, etc) permet d'indentfier les différences entre chacune des références concernées. il est ainsi possible de sélectionner les informations que vous souhaitez conserver après fusion de ces dernières (en cliquant sur "Fusionner 2 documents").

Pour supprimer une référence d'une collection :

• Placez-vous dans la collection en question ;
• Sélectionnez la référence à supprimer dans le panneau central de Zotero ; 
• Appuyez sur "touche Suppr" de votre clavier ou  faites un clic droit et choisissez "Retirer le document de la collection". 

Notez que cela ne fera que supprimer la référence de la collection, cette dernière sera toujours accessible dans le dossier "Ma bibliothèque".

Si vous faites cela à partir de "Ma bibliothèque", la référence ainsi que les notes et fichiers qui lui sont associés seront déplacés dans la corbeille .

• Les marqueurs (ou tags, mot-clés) sont associés aux références de votre bibliothèque. Ils permettent :
  • de faciliter la recherche dans votre bibliothèque zotero et de retrouver vos références. La sélection d'un ou plusieurs marqueurs vous permettra par exemple de filtrer la liste des références visibles dans le panneau central. 
  • d'organiser votre travail en choisissant par exemple des marqueurs méthodologiques (à lire, à vérifier etc.) ou des marqueurs thématiques (justice, santé etc.).

• Afficher la fenêtre des marqueurs (panneau de gauche)

• Les marqueurs  qui s’affichent dans cette fenêtre correspondent aux marqueurs associés aux références de la collection actuellement sélectionnée.

• En sélectionnant une référence, les marqueurs associés s'affichent dans la colonne de droite sous l'onglet Marqueurs. Les étiquettes bleues identifient les marqueurs que vous avez ajoutés manuellement, les étiquetttes oranges identifient les marqueurs ajoutés automatiquement depuis une base de données, un catalogue de bibliothèque, un moteur de recherche.

• Pour ne pas importer automatiquement des marqueurs, vous devez dans Zotero>Edition>Préférences>Générales décocher Ajouter automatiquement aux documents...

• Pour ajouter un marqueur à une référence de votre bibliothèque :

1. Cliquez sur Marqueurs > Ajouter (Add).
2. Inscrivez votre marqueur, constitué d'un ou plusieurs mots, avec une limite de 256 caractères. Vous pouvez utiliser la saisie semi-automatique pour sélectionner un marqueur déjà présent dans votre bibliothèque.

3. Cliquez sur la touche Entrée. Pour ajouter d'autres marqueurs, répétez cette opération.

Le nombre de marqueurs pouvant être associés à un document n'est pas limité. Il est possible d'ajouter des émoticônes comme marqueurs en les copiant-collant.

• Ajouter des marqueurs aux fichiers joints ou aux notes

1. Sélectionnez le fichier joint ou la note
2. Cliquez dans le champ Marqueurs dans la colonne de droite

3. Inscrivez le marqueur désiré puis cliquez sur Ajouter ou sur la touche Entrée.

•    Gérer l'affichage des marqueurs

Le bouton multicolore   de la fenêtre des marqueurs permet d'accéder aux options d'affichage des marqueurs dans cette fenêtre.

Attribuer des couleurs aux marqueurs

Il est possible d'associer des raccourcis et des couleurs à vos marqueurs favoris (9 marqueurs maximum).

Pour ajouter une couleur à un marqueur : 

1. Dans la fenêtre des marqueurs, faites un clic-droit sur le marqueur de votre choix.
2. Choisissez Attribuer une couleur.
3. Une couleur et une position (chiffre de 1 à 9) sont proposés par défaut. Vous pouvez les modifier.
4. Cliquez sur Définir la couleur.

Pour supprimer ou modifier les couleurs et raccourcis, faites un clic-droit sur le marqueur, cliquez sur Attribuer une couleur puis cliquez sur Supprimer la couleur ou changez la couleur ou la position.

Une fois une couleur attribuée à un marqueur, un carré de couleur s'affiche dans la section centrale, à gauche de chaque référence associée. Dans la fenêtre des marqueurs, les marqueurs favoris apparaissent en couleur et toujours en tête de liste quelle que soit la collection sélectionnée.

Renommer un marqueur

Dans la fenêtre des marqueurs :

1. Faites un clic-droit sur le marqueur à modifier;
2. Sélectionnez Renommer le marqueur;
3. Inscrivez un nouveau nom, puis cliquez sur OK.

Supprimer un marqueur

Dans la fenêtre des marqueurs :

1. Faites un clic droit sur le marqueur.
2. Choisissez Effacer le marqueur, puis cliquez sur OK.

Si vous souhaitez simplement effacer un marqueur associé à un seul document :

Dans la colonne du centre, sélectionnez le document.
Dans la colonne de droite, sous l'onglet Marqueurs, cliquez sur le