Le travail d'écriture et de présentation de la thèse exige de respecter les recommandations de présentation, éditées par le Ministère de l’Enseignement supérieur et de la recherche, mais aussi par les établissements de soutenance, voire par les institutions regroupant des écoles doctorales.

Ces recommandations portent sur la présentation physique (papier, impression, couverture), la mise en page du texte (marges, interligne, numérotation), la présentation des citations, des références bibliographiques, des notes de bas de pages, dans le respect des règles de typographie en vigueur.

L'arrêté du 25 mai 2016 fixant le cadre national de la formation et les modalités conduisant à la délivrance du diplôme national de doctorat dans son article 24 a modifié les règles de dépôt des thèses. Elles doivent maintenant être fournies sous forme numérique et, seulement sur demande du jury, sous forme papier. Les règles et conseils de présentation donnés dans ce guide s'appliquent tout aussi bien à la version électronique qu'à la version papier.